日大正14年（1925），南部大會成立女宣道會，並試探性地派人前往美濃、萬巒等客家村落佈道傳福音。由於反應良好，而正式差派黃水妹女士為傳道，前往萬巒村開設佈道所，而正式成為本鄉首設之基督長老教會佈道所。民國42年（1953）3月17日，由高雄中會主持開幕的感恩禮拜，正式成立萬巒基督長老教會，並派李連登傳道為首任駐堂傳道。民國45年（1956）竣工建成客家傳統四合院式教會，且於同年12月10舉行獻堂感恩禮拜，並於民國47年（1958）7月升格為堂會。而該教會之主日禮拜，全程使用客家話，列如：唱詩、讀經、祈禱、講道等，並由國語同步翻譯。